Siamo nel 2047. Vent’anni ci separano dagli eventi che hanno colpito New York nel secondo episodio della serie, e nella Grande Mela le cose non sembrano migliorate. Anzi, con la scusa di isolare gli ultimi Ceph rimasti sul nostro pianeta, l’organizzazione multinazionale CELL ha sfruttato la tecnologia dei naniti per erigere un’immensa cupola e sigillare Manhattan al suo interno. All’interno di questa struttura, chiamata Liberty Dome, gli edifici e le strade sono state presto divorate dalla vegetazione che, sia per l’atmosfera creatasi in tale zona sia per gli esperimenti fatti dai ricercatori CELL, è cresciuta in maniera impressionante dando vita ad un vera e propria foresta pluviale con paludi, vegetazione fitta, liane e tutto il resto.Cosa manca a coronare la visione della software house tedesca per il suo Crysis 3? Prophet ovviamente. Purtroppo il coriaceo soldato rivestito con la tuta delle meraviglie ha un problema: è ingabbiato. Gli ultimi vent’anni per lui sono trascorsi all’interno di una cella, e solamente la fuga potrebbe ridargli la libertà. Conscio di questo Prophet, evidentemente tipo pragmatico, scappa. Il suo scopo è quello di tornare a New York per cercare di capire come si è sviluppata l’invasione aliena, ma soprattutto perché convinto del fatto che dietro la verità della CELL sulla creazione della cupola se ne nasconda una più atroce, che vede l’azienda sfruttare questo isolamento per condurre esperimenti poco ortodossi sulla natura e, fatto decisamente poco simpatico, sui newyorkesi rimasti. Una volta giunto a Manhattan, o quel che ne resta, Prophet vede concretizzarsi i suoi timori e scopre inoltre che gli ultimi Ceph rimasti si stanno riorganizzando. Cosa può fare quindi un soldato altamente addestrato nel combattimento in solitaria all’interno di una foresta pluviale? Rivedersi tutti i film di Predator e trasformarsi in un silenzioso e letale cacciatore.